（摘）指揮中心5月28日公布，「地方政府或企業申請COVID-19疫苗專案輸入流程」，共有四步驟、八項條件，提出申請後需經食藥署召開專家會議審查後外，並強調兩大原則是：「由中央政府與原廠簽約採購」、「由中央政府統籌分配執行」，就算是企業捐贈，也必須由中央政府去和原廠直接簽約採購，這是過去台灣即便在緊急疫情下進口疫苗，也未曾有的規範。
由中央統一向原廠採購，在實務面上，主要是因為疫苗保存、配送有一定門檻，疫苗原廠也比較傾向直接跟國家訂契約，確保採購量足夠、疫苗不會被哄抬價格出售、保存運送風險較小；而民間藥廠若自行進口，也會擔心採購數量少、價格可能較高，甚至直接被國家徵用，獲利受影響。
另外，在COVID-19疫苗上政府堅持由「中央統籌分配」，在現行的《藥事法》和《傳染病防治法》相關法規下都沒有這個法源，指揮中心的依據應來自台灣在2020年2月25日通過了《嚴重特殊傳染性肺炎防治及紓困振興特別條例》。該特別條例第7條寫明：「中央流行疫情指揮中心指揮官為防治控制疫情需要，得實施必要之應變處置或措施。」為了在緊急狀況、疫苗資源有限的前提下，更好地分配疫苗和提升施打效率，指揮中心因而希望由中央政府統一採購、分配。
但此法是非常時期下的特別條例(目前特別條例實行至6月30日止，施行期間屆滿，得經立法院同意延長之)，若政府要依此法設定特別規範，如限制僅能由政府採購疫苗，這項由政府統一採購疫苗的例外措施也應設下落日期限，待疫情緩和時該例外措施就要取消，否則未來恐讓藥商或其他人都無法從國外採購COVID-19疫苗。
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